青草线免费观看完整版

動植物基因組de novo

不依賴于任何參考序列信息就可對某個物種進行全基因組測序和拼接組裝,構建該物種的全基因組序列圖譜與基因組數據庫,為后續基因挖掘、功能驗證提供DNA序列信息。

基因組Survey

基于小片段文庫的低深度測序數據,通過K-mer分析,有效評估基因組大小、GC含量、雜合度高低及重復序列含量等信息,為后續的組裝策略的制定提供理論依據。

基因組輔助組裝

在已有二代或三代數據組裝的基因組前提下,通過Bionano光學圖譜或10x Genomics Linked-reads或Hi-C技術進一步組裝,以獲得更高質量的基因組序列。

純三代動植物基因組de novo

利用純三代數據進行基因組組裝,然后利用二代數據進行糾錯,能對高重復序列、轉座子區域與高度變異區等基因組的復雜區域進行高水平組裝。

文章案例

利用基因共表達網絡精確篩選與大豆開花時間相關的GWAS/QTL區間中的候選基因

PacBio+Bionano+Hi-C助力高質量中國大豆基因組發布

大豆是重要的糧食經濟作物,在引種和改良過程中產生了遺傳瓶頸效應,使得來自不同主產區的大豆品種間具有顯著的遺傳變異。中國科學院遺傳與發育生物學研究所聯合中國科學技術大學、江蘇省農業科學院種質資源與生物技術研究所和貝瑞基因信息分析工程師張海寬、邢世來進行了一項研究,該研究團隊結合PacBio Sequel單分子實時測序(SMRT)、Bionano Saphyr單分子光學圖和高通量染色體構象捕獲技術(Hi-C),對Zhonghuang 13品種的基因組進行從頭組裝,最終得到1.025 Gb的基因組序列,包含20條染色體和1條葉綠體,此外,該團隊整合大量轉錄組數據為Gmax_ZH13基因注釋基因構建了一個完整的基因共表達網絡。通過已報道控制大豆開花時間的基因與新定位的QTL或GWAS區間內候選基因的共表達關系,對新定位區間內控制該性狀的基因進行更精確地篩選,得到26個可能控制大豆開花時間的基因,并利用自然群體遺傳變異和表型差異的關聯對其中部分基因進行了驗證,這為重要農藝性狀基因的挖掘提供了新的思路。

參考文獻:Shen et al., De novo assembly of a Chinese soybean genome. Sci China Life Sci, 2018.

青草线免费观看完整版